La cripta si estende sotto l’abside maggiore fino a metà della navata centrale, ma non è un rettangolo perfetto in quanto si restringe leggermente verso sinistra;
è interamente costruita in mattoni ed è divisa in tre navate con quattro campate di ampiezza diversa e volte a crociera, terminanti con una abside unica.
Sei colonnine in pietra con capitelli cubici in pietra e marmo ad angoli smussati di tipo prelombardo sostengono le volte che, lateralmente, poggiano su semi-colonne in cotto apparecchiato, ricavate nei muri perimetrali in corrispondenza dei filari delle colonne.
Nei muri perimetrali sono scavate delle piccole nicchie rettangolari sormontate da architravi o ad arco che servivano forse per l’illuminazione o per deporre le suppellettili liturgiche.
Incerta rimane sicuramente la datazione di questa cripta, anche se si propende a ritenerne la costruzione posteriore rispetto a quella della Pieve.